Humains:
après la bataille de Char, Crow se remet de ses blessures, soignées par l'infirmier fou, SimZz. Magistra morin décide de laisser Crow pour aller voler un des vaisseaux les plus puissant de la galaxie. L'Orion. Aidé par les Kel-Morian, des humains fesant selon leur propres moindre désir, Steven met la main sur le vaisseau Amiral. Mais il est intercepté par Thrawn-Maximillien Veers, le nouveau sous-commandant suprème. Une terrible bataille fait alors lieux, entre les confédérés commandé par Thrawn et les fils de Khoral de Steven alliés aux Kel-Morian.
pendant ce temps, Crow est amputé de sa main, trop blessée, par SimZz, aidé de sa scie rouillée, la grosse Verra. Crow, terriblement mal après l'opération, en profite pour dormir. Mais la nuit n'est pas de beaucoup de repos, car leur base est attaqué par Joey, avec la flotte complète de Tarsonis. Kerovias, la base secrète des fils de Khoral, est alors bombardé de toute part. Crow et ses soldats sont obligés de se réfugier dans les souterrains. Joey envoit son équipe tactique dans les sousterrains aussi. SimZz a par contre un terrible idée. Se propulser avec un missile, dans le vaisseau de Joey, le Condor Amiral. Il réussit, et de justesse. a l'interieur, il s'amuse a saboter quelques trucs. La flotte de Joey est bientot rejoint par celle de Thrawn, qui malheureusement pour les confédérés, a subit une cuisante défaite. Steven Morin, pendant ce temps, c'était fait installer un bouclier Protoss sur l'Orion. Il rejoint ensuite la bataille autour de Kerovias.
A la suite d'une puissante confrontation, le condor Amiral est détruit, et le vaisseau de Thrawn aussi. Joey part dans son vaisseau personnel, dans un autre cuirassé lourd. Thrawn, lui, décide de suivre SimZz qui s'était enfuit sur la planète, pour le capturer. Il réussit, mais finit par se faire assomer, et se faire laisser pour mort sur la planète. SimZz s'enfuit avec le vaisseau en otage. Joey, lui, donne un choix fatidique a Steven. Tuer Joey, et Crow aussi, ou aller sauver Crow, et laisser Joey Gagner. Car pendant que Joey et Steven se confrontaient dans les air, l'équipe tactique du commandant suprème, des assasins sans scrupules, Alpha, Delta et Oméga, avaient capturé Crow. Steven prit un choix.
Il décida de faire exploser Joey. Crow fut tué aussi. Mais Joey Tarasif avait prévu sa mort. Il avait programmé un message disant que Thrawn avait été démit de ses fonctions. Et que Hishia devenait commandante suprème. Thrawn fu secouru par ses soldats, et, ne prenant pas son retrogradement, retourna sur Tarsonis, prendre en main les chose. Il bafouilla la mémoire de Joey, brulant son faux testament, qu'il croyait vrai. Il fit croire que l'ex-magistra avait brouillé les donnés. Il retira ensuite les puces de neurosocialisation des têtes des marines, et mit une bombe sur tout les citoyens de Tarsonis, pour s'assurer de leur loyauté. Il redoubla ensuite les défences de Tarsonis. Mais malheureusement, le lien le plus puissant qui gardait la confédération en place, venait de se couper avec la mort de Joey. Thrawn fut prit dans une chasse au trésor, mettant en jeu sa place au pouvoir, et le testament de Joey.
Jim Karlson, un des officers les plus loyals envers Joey de toute la confédération, arriva en renfort sur Kerovias, et réussit a chasser les Fils de KhoralMais il fut chasser de tarsonis, pour cause d'insurbonation. Ex-Magistra Morin finit par retrouver le corps de Crow. SimZz s'enfuisi, et personne ne savait ou il allait. Hishia est a un endroit inconnu. La confédération gardera t'elle la main mise, encore longtemps, sachant qu'il ne reste que 15% de la force militaire d'origine sur Tarsonis?
Protoss:
Une bataille opposant protoss renégat, aidé par Starkk, Tassadar et Darylin, et le chef religieux Tryo, eut lieux. Mais une entente se fit finalement entre les deux clans, finalement. Ils devaient aller chercher un ancien temple, capturé par les confédérés Darylin et Tassadar se firent un plaisir de mener les troupes, a la victoire...mais ce n'est pas encore terminé, car Anderson, un confédéré assoifé de sang, mène les troupes au temple... qui gagnera?
Zerg
L'overlord se remet lentement de ses anciennes blessures, mais il compte attaquer les humains bientot. Une terrible attaque...massive...