Au commencement, Joey Tarasif, chef des conférés, décide d'un plan. Il paye des protoss pour détruire une planète de ses ennemis juré, les fils de Khoral. Pendant ce temp, il envoi des hommes capturer Helljumper, fidèle ami du puissant templier noir protoss. Pour sa libération, Joey oblige Tassadar d'une mission. Placer des balises sonar sur Rapatris. Bonne initiative, car a la suite d'une transmition quelque peu chaotique avec Crow, deux heures plus tard, une guerre mettant en jeu Rapatris éclate. Les deux stratèges décident d'envoyer une armada sur les lieux. Joey envoi sa flotte impériale, avec le vaisseau le plus puissant des confédéré, le condor amiral muni des armes de destruction massive, les 3 canons Yamato. Crow, lui, fait appel aux autres commandants des Fils de Khoral pour mobiliser une armée assez puissante.
Ce que Joey ignorait, c'était que le condor impérial avait été infiltré par Micki dit ''le kid'', fidèle pilote des fils de Khoral, pour poser des émetteurs EMP.
Les émetteurs servaient a faire surchauffer les canons au moment de la mise a feu et de tout faire sauter, Joey dans le lot. Micki débarqua ensuite, pour rejoindre Rapatris.
c'est ainsi que la flotte Amirale se mit en route. Tassadar arriva trois jours plus tard sur Rapatris, lancé d'un vaisseau Protoss, avec 8 autres templiers. Les missiles anti-air des rebelles eurent tot fait d'en détruire 7. Tassadar et un autre templier allèrent faire leur mission. Joey, en orbite autour de la planète, détruisit le diplomate des fils de Khoral, débutant la bataille aussitôt.
Pendant ce temp, Korokish, serviteur Zerg, renaissait de son ancienne forme humaine en marines infecté. L'overlord, lui donna un ordre, celui d'envoyer un infirme partie de l'armée Zerg sur Rapatris pour affaiblir les deux puissancez humaines.
En orbite autour de Rapatris, Joey, impatient, donna l'ordre d'envoyer Hishia, spécialiste Ghost, et d'autre Ghosts avec elle, aller poser les balises a la place de Tassadar, qui prenait trop de temp.
Autour de Rapatris, sur la terre comme au ciel, la guerre fesait rage. Hishia, attérie sur Rapatris, fut surprise lorsqu'elle tomba sur Crow, et encore plus quand elle vit les zergs arriver, sans qu'elle eut le temps de poser les balises sensé les attirers. Son vaisseau se retrouva en miette, détruit par les Abominations Zerg. Soudain, Tassadar apparu de nul part, et aida Hishia a s'en sortir. Elle demanda une évacuation.
pendant ce temps, SimZz, médecin fils de Khoral, combattait toute sorte de bestioles, se demandant pourquoi ce genre de truc n'arrivait qu'a lui.
Le vaisseau d'évacuation arriva, enfin, sauvant Hishia et Tassadar des griffes Zerg. De son coté, Micki tomba a point, ramassant Crow et SimZz.
Dans l'orbite de Rapatris, Joey ordonna l'activation de ses canons, Mais il vit l'indicateur de surchauffe s'allumer, il annula tout. Soudain, des vaisseaux Protoss firent leur apparition, venant purifier la planète Rapatris des Zerg en la fesant sauter.
La battaille de Rapatris montra au fils de Khoral la puissance non-cachée des confédérés, mais en retour, montra aux confédérés l'ingéniosité des rebelles.
Ce qui était surtout inquiétant, c'était l'apparition des Zergs, et surtout de Korokish, qui montrait aux hommes qu'ils auraient a être doublement vigilant.